近年来，跨境电子商务零售进出口的发展促进了国际贸易门槛的降低，使世界上的小微企业能够直接参与全球贸易。跨境电子商务作为一种新的贸易形式，其迅猛发展对海关监管、统计、征税等方面提出了新的要求。传统海关监管面临诸多挑战，亟需创新。那么，在跨境电商中，征税的难点有哪些呢？
第一，征税对象难以确定。跨境电子商务交易信息是电子化的。在跨境电子商务中，技术指导和服务是通过网络以独立合同的形式提供的，这使得征税对象不够确定。与跨境电商网购的保税进口需要全部报关报检相比，以“先下单后发货”为特点的直购进口方式，需要在进境时通关，但并非全部报关，海关对其进行抽查。也就是说，在这种模式下，实际货物有可能与三个清单上的货物类别不符。
第二，征税主体很难确定。跨境电子商务零售进口以电子商务平台代扣代缴的形式征税。我国个人税务信息登记缺失现象十分严重。对个人纳税义务人的交易限额和纳税情况进行监管难度很大。跨境电子商务交易的C2C主体是虚拟的，税务机关很难核实纳税人的真实信息，尤其是虚拟商品和服务的交易。
第三，具体税额很难确定。跨境电商零售进口表现为单位交易额小、交易订单量大。通关采用“清单查验放行、汇总申报”。货物进境时，需要三单比对清关，海关只对其进行抽查。此外，如此大量的通关订单和包裹往往集中在几个商业促销期，如11.11、黑色星期五等，海关很难在短时间内确定货物描述是否真实准确，适用税率是否适用对于商品分类是否正确。面临高额的监管和税收征管成本，实在难以确定税额。
